La structure organisationnelle du Centre de santé et de services sociaux de Bécancour–Nicolet-Yamaska (CSSSBNY) s'appuie sur la Direction générale, une Direction générale adjointe et huit directions, à savoir :
- La Direction générale
Mme Danielle Gamelin, directrice
- La Direction générale adjointe
M. Paul Baril, adjoint à la Direction générale
- La Direction de la santé physique et des services diagnostiques
Mme Francine Courchesne, directrice
- La Direction des services à la communauté et multidisciplinaires
Mme Claudette Boutin, directrice
- La Direction des services aux personnes en perte d'autonomie
Mme Evelyne Pagé, directrice
- La Direction des soins infirmiers
Mme Marie-Claude Brunelle, directrice
- La Direction des services professionnels
Docteur Dominique Tardif, directeur
- La Direction des ressources humaines
M. Yves Forcier, directeur
- La Direction des services techniques et informationnels
M. Sylvain Noury, directeur
- La Direction des services financiers
La coordination de cette direction est assurée par Mme Guylaine Provencher, coordonnatrice des services financiers, et relève directement de la directrice générale.